También se consolidaron otros jugadores provenientes de fuera como Orbaiz, Ezquerro o Tiko. El equipo titular lo conformaban otros jugadores de peso en el equipo como Bittor Alkiza, Aitor Larrazabal, Cuco Ziganda o el propio Julen Guerrero. Pero el presidente José María Arrate quería mejorar aún más el equipo de cara a la temporada 1997-98, la cual era una temporada especial debido a que el club celebraba su centenario. Con esto, sumado a la consolidación de Fernando Llorente, Javi Martínez y Fernando Amorebieta, la situación del equipo mejoró notablemente y se mantuvo durante toda la temporada en la parte media de la clasificación, sin pasar apuros. Según los rumores del entorno rojiblanco, se hablaba de problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada, la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos. Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. En la siguiente temporada 2004-05, el Athletic fue de más a menos. Entre 1958 y 1968 el Athletic Club enlazó su mejor racha sin perder (siete victorias y seis empates).
El 1 de junio el propio Villa confirmó su marcha del Atlético en una entrevista publicada en la página web del club. A comienzos de este verano, la Autoridad de Competencia y Mercados británica (CMA, por sus siglas en inglés) advirtió al club escocés Glasgow Rangers y a la multinacional JD Sports de una próxima sanción porque descubrió que habían fijado ilegalmente los precios de las camisetas del equipo. Para la temporada 1996-97 el Athletic tomó medidas para reconducir la situación del equipo, contratando al entrenador Luis Fernández, e incorporando a la plantilla a los jugadores Imanol Etxeberria e Ismael Urzaiz, que se sumaban al fichaje -un año antes- de Joseba Etxeberria. Con Ernesto Valverde el Athletic se clasificó para la Copa de la UEFA, terminando la temporada en 5.ª posición. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que el Athletic ya había participado en tres ocasiones). Así, el Athletic dio un gran salto de calidad y logró clasificarse para la Copa de la UEFA, quedando en 6.ª posición.
Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición. En 1943 con el primer Campeonato nacional de Copa, bautizado como Campeonato de España sénior femenino de baloncesto, quedó subcampeón frente al Real Club Deportivo Español de Barcelona, aunque su éxito duró hasta su desaparición en el año 1944, cuando la sección se disuelve y sus jugadoras pasan a formar parte de la Sección Femenina Centro (1944-53), que conquistó seis campeonatos de Copa. Durante el verano de 2004, se convocaron elecciones anticipadas, en las que Fernando Lamikiz fue elegido como nuevo presidente del club. Contaría con la baja de dos de sus puntales en temporadas anteriores: Asier del Horno, traspasado al Chelsea F. C., y Santi Ezquerro, que finalizaría contrato y firmaría con el F. C. Barcelona. Por otro lado, el club ostenta actualmente la 38.ª posición en la Clasificación histórica de Primera División, habiendo cosechado 242 puntos en las seis temporadas que ha estado en Primera División hasta la fecha.
Y en la Copa del Rey volvió a llegar hasta semifinales, cayendo de forma dolorosa en los penaltis ante el Real Betis, que posteriormente se proclamó campeón. Dicho logro se consiguió bajo las órdenes del entrenador valenciano José Luis Oltra. Otros jugadores destacados de la entidad hispalense son: José María Busto, Paco Buyo, Andrés Palop, Paso y Juan Carlos Unzué (porteros); Antonio Valero, Marcelo Campanal, Paco Gallego, Antonio Álvarez, Pablo Blanco, Manolo Jiménez, Francisco Sanjosé, Dani Alves, Antonio Puerta, Javi Navarro y Pablo Alfaro (defensas); Pedro Alconero, Ignacio Achúcarro, Enrique Lora, Francisco López, Jesús Navas, Héctor Scotta, Renato Dirnei, José Antonio Reyes, Rafa Paz, Enrique Montero, Ramoní Martínez, Ivan Rakitić, Carlos Gomes Pintinho, Enzo Maresca y Diego Maradona (centrocampistas); y Juan Armet Kinké, Juan Arza, Enrique Gómez Spencer, Baby Acosta, Juan Araujo, López, Raimundo, Pepillo García, Guillermo Campanal, Bilba Torrontegui, Rafael Berrocal, Ramón Vázquez, Alhaji Momodo Biri Biri, Anton Polster, segunda equipacion barça 2022 Frédéric Kanouté, Davor Šuker, Luís Fabiano y Carlos Bacca (delanteros). Al final de la temporada 2002-03, falleció de cáncer el presidente Javier Uría, por lo que el vicepresidente, Ignacio Ugartetxe, tomó el mando de forma temporal. La temporada siguiente, el Athletic eliminó al Dinamo Tbilisi en la ronda previa de la Liga de Campeones, sin embargo no logró superar la fase de grupos, acabando en cuarta posición por detrás de Juventus, Galatasaray y Rosenborg.